Shakuhachi est une sorte de flûte importée de Chine au début de l'ère Nara (710 - 794). Ce n'est cependant qu'au début du 16e siècle que cet instrument devint populaire grâce à son adoption par des moines zen mendiants.
Le shakuhachi est un tube de bambou d'environ 55 cm de long. Il est percé de quatre trous sur sa partie supérieure et d'un trou pour le pouce sur sa partie inférieure.
Le shakuhachi possède son propre répertoire musical. Il prend aussi place dans les orchestres de Nô (une des formes traditionnelles du théâtre japonais) et accompagne souvent le koto ou le shamisen.
A part le shakuhachi, il existe au Japon de nombreuses autres sortes de flûtes.
Les plus communes, généralement taillées dans du bambou, sont: les yokobue (flûtes traversières), le ryûteki ou kichiriki (pipeau à sept trous), les shô no fue (sortes de flûtes de pan pouvant posséder de 10 à 24 tuyaux) et les shô (organes à bouche possédant 17 tuyaux).